เรื่องราวตลอดจากภาคที่แล้ว โดยในภาคนี้จะพาไปเสี่ยงอันตรายในดินแดนใต้พื้นแผ่นดินซึ่งเป็นที่พักที่อาศัยของ คองกเงินอริลล่าผู้มีอิทธิพล ซึ่งคองได้ศึกษาค้นพบภัยรุกรามรูปแบบใหม่ในดินแดนที่นี้ด้วย และก็บางทีก็อาจจะเป็นมหันตภัยร้ายครั้งใหญ่ต่อมนุษย์โลกในอนาคตอันไกล้นี้ โดย คอง กับ ก็อดสิลล่า จำเป็นจะต้องร่วมมือกันเพื่อขจัดภัยรุกรามใต้พื้นพิภพนี้ให้ได้