ในปี 2199 โลกกำลังพบเจอกับการล้มล้างที่ใกล้จะเกิดจากเชื้อสายเอเลี่ยนที่รู้จักกันในชื่อกามิลาส ซึ่งได้จู่โจมดาวพระเคราะห์ด้วยรังสี ทำให้ไม่สามารถที่จะพักอาศัยได้ เมื่อมนุษยชาติใกล้จะสิ้นพันธุ์ กองกำลังคุ้มครองป้องกันโลกที่เหลืออยู่ก็เลยส่งเรือรบอวกาศยามาโตะไปทำหน้าที่ที่เต็มไปด้วยอันตรายเพื่อนำเครื่องไม้เครื่องมือซึ่งสามารถชำระล้างโลกและก็กู้มนุษยชาติ